Depuis 2004, la communauté d’agglomération assure en régie la compétence en matière d’assainissement, c’est-à-dire la collecte et le traitement des eaux usées, l’assainissement non collectif ainsi que la gestion des eaux pluviales.
L’assainissement est majoritairement collectif. Autrement dit, les eaux usées issues des habitations, des entreprises, etc. sont collectées par le réseau d’assainissement et acheminées jusqu’aux stations d’épuration. Elles sont alors traitées (dépolluées) avant leur rejet au milieu naturel.
A noter, que les logements non raccordés à un système d’assainissement collectif, entre dans le cadre de la gestion de l’assainissement non collectif ; Il s’agit bien souvent d’habitations isolées, plutôt situées en milieu rural.
Le système de collecte est un important réseau de canalisation qui jonche le sous-sol de nos villes. Pour notre territoire, celui-ci est de l’ordre de 420 km. Les eaux usées transitent dans ce dernier de manière gravitaire 
mais notre territoire étant très plat, il faut avoir recours à des dispositifs de pompage (station de relèvement), pour que soit facilité l’écoulement des eaux usées jusqu’aux stations d’épuration. Concernant le territoire communautaire, environ 200 stations de relèvement sont en services.
Il existe deux types de réseaux de collecte :
- Les réseaux séparatifs qui collectent les eaux domestiques et les eaux pluviales dans des réseaux distincts. Certes plus couteux à l’installation (deux réseaux à construire), ce système offre principalement l’avantage d’éviter le risque de rejet des eaux usées dans le milieu naturel, notamment par temps de pluie.
- Les réseaux unitaires collectent à la fois les eaux usées et les eaux pluviales.
L’entretien de tout ce système de collecte, nécessite des actions permanentes et rigoureuses, assurées par un personnel qualifié. Sujet à des encrassements réguliers, le réseau d’assainissement, fait donc l’objet d’un plan d’action de curage prévisionnel. Il en est de même, pour les éléments autres que les canalisations, constitutif de ce réseau, à savoir, les bouches d’égout, les déversoirs d’orage, les postes de relèvement, etc.
Les eaux usées ainsi collectées arrivent sur les stations d’épuration pour être traitées. La communauté d’agglomération dispose de trois stations :
- la station J. Monod (capacité : 133 000 équivalent habitant),
- la station rue de Toul (capacité : 47 500 équivalent habitant)
- la station de Sangatte (capacité : 3 500 équivalent habitant).
L’objectif de ces stations est donc de recevoir les effluents, pour les dépolluer et ainsi pouvoir les rendre au milieu naturel sans altérer ce dernier. Le traitement en station d’épuration s’effectue de la manière suivante :
Réception des eaux usées qui sont acheminées vers une première étape, dite de prétraitement.
Ici les effluents traversent tout d’abord une grille qui a pour fonction de récolter les déchets les plus grossiers. Les sables et autres graviers qui circulent via le flux de ces mêmes effluents, se déposent au fond d’un bassin avant d’être évacués. C’est la phase de dessablage. Les graisses quant à elles, remontent à la surface grâce à une injection d’air. Elles sont récoltées à la surface. C’est la phase de déshuilage.
Une autre étape réside en un traitement biologique. Ce traitement consiste en la reproduction des phénomènes d’autoépuration existant dans la nature. Le principe est de mettre en contact avec la pollution à traiter, des micro-organismes ou autres bactéries présentent naturellement dans les eaux usées.
L’alternance de zones aérées et non aérées permet de traiter d’une part la pollution carbonée et d’autre part la pollution azotée et la pollution phosphatée. Les bactéries qui se regroupent entre elles forment des flocs, autrement appelés « boues ».
Une fois ce traitement biologique opéré, c’est donc une eau fortement chargée en boue qui est dirigée vers l’étape du clarificateur. Ici, le procédé consiste à séparer par décantation, l’eau dépolluée et les boues. Les boues, se déposent donc au fond du clarificateur, alors que l’eau clarifiée s’écoule en surface vers un dernier traitement avant le rejet en milieu naturel.
Ces boues sont renvoyées vers le bassin biologique afin que les bactéries puissent à nouveau procéder à leur travail de dégradation des eaux polluées. Les boues en excès sont extraites et conditionnées pour être valorisées en agriculture : elles sont utilisées comme fertilisant.
L’ultime étape sur nos stations d’épuration vise à un traitement des eaux issues du clarificateur, par un procédé de traitement par rayon UV. Les eaux subissent alors une désinfection, avant d’être rejetées au milieu naturel.